集菌儀是通過定向蠕動加壓原理，使供試品中微生物截留在濾器中的微孔濾膜0.22µm*47mm或0.45µm*47mm上，通過沖洗濾膜除去抑菌成分，然后把所需的培養(yǎng)基通過進樣管道直接引入全封閉過濾集菌培養(yǎng)器中，放置在培養(yǎng)箱內進行無菌培養(yǎng)。
1、先取出我們配套使用的一次性培養(yǎng)器先檢查包裝是否完好無損，在無菌室內打開包裝。
2、然后將一次性培養(yǎng)器逐個插放在不銹鋼排液槽上（儀器上的幾個小孔，每個孔安放一個培養(yǎng)皿即可）。
3、將一次性培養(yǎng)器的彈性軟管裝入集菌儀的蠕動泵頭，集菌儀要求定位準確，軟管走勢順暢。
4、打開待檢供試品瓶（袋）的插針孔并做環(huán)形消毒，（若檢測安瓶樣品，先將安瓶頸部做環(huán)形消毒，然后再打開）將樣品瓶（袋）定位。
5、拔去進樣針管護套，針頭和供試品瓶口過酒精燈火焰消毒，插入樣品瓶中，開啟智能集菌儀，將供試品瓶倒置，實施過濾集菌（應避免雙芯針管進氣濾膜被藥液浸濕，影響進氣；若樣品為袋裝不存在該問題）重復操作每個樣品的過濾程序。
6、完成集菌后，集菌儀若樣品具有抑菌作用或含防腐劑（按抑菌性樣品的sop進行操作，下次提供菌性樣品的sop）
7、啟開已滅菌好的培養(yǎng)基瓶，將針頭和培養(yǎng)基瓶口過酒精燈火焰消D，針頭插入培養(yǎng)基瓶中。
8、摘下一次性培養(yǎng)器頂部空氣濾器開口的膠塞，套在一次性培養(yǎng)器的底口上，用軟管夾子依次開閉軟管，開啟集菌儀，將培養(yǎng)基泵注入培養(yǎng)器內。（先取兩個夾子夾住彈性軟管定位處的兩根管子，先加入改良馬丁培養(yǎng)基；再取另外一個夾子夾住另外一根管子，并用夾子夾閉與一次性培養(yǎng)器連接部的軟管，留出5-6cm軟管，剪除其余部分，并將開口端插在空氣濾器的開口上。
9、分別按照藥典規(guī)定的培養(yǎng)時間進行培養(yǎng)。
10、觀察培養(yǎng)情況，若需取樣分離培養(yǎng)，可將軟管消毒，用無菌注射器插入軟管抽取所需量做進一步檢查。